L’INDH se distingue par son système de gouvernance fondé sur des organes échelonnés tant sur le niveau central qu’au niveau territorial.

Au niveau central, trois organes de gouvernance à savoir :

  • Le comité stratégique de développement humain qui est présidé par le Chef du Gouvernement et composé des membres du Gouvernement et d'établissements et organismes publics concernés et dont le rôle principal est de définir le cadre stratégique et budgétaire de l’INDH
  • Le comité de pilotage qui est présidé par le Ministre de l’Intérieur et composé des départements chargés des Finances, du Développement social, du Développement rural, de la Santé, de l’Education et de l’Habitat et dont les rôles sont, entre autres, le Suivi général de la mise en œuvre de l’INDH et son évaluation générale.
  • La coordination nationale de l’INDH qui est une administration de mission au niveau du Ministère de l’Intérieur et dont les rôles sont, entre autres, l’appui technique des organes de gouvernance au niveau régionale, provincial et local et tous autres acteurs participant à l’exécution de l’INDH, en particulier en ce qui concerne l’application des manuels de procédures.

A l’échelle provinciale, 2 organes de gouvernance et deux organes d’appui sont mis en place à savoir :

 
  1. CPDH
  2. CLDH
  1. DAS
  2. Equipe